Распространенность генетических групп m ycobacterium tuberculosis по районам Самарской области Текст научной статьи по специальности «Клиническая медицина»

Аннотация научной статьи по клинической медицине, автор научной работы — Концевая Ирина Сергеевна, Николаевский Владислав Владленович, Садыхова Анна Викторовна, Ковалёв Александр Михайлович, Игнатьева Ольга Андреевна

В статье рассмотрена структура популяции возбудителя туберкулеза легких Mycobacterium tuberculosis и распространенность различных генетических групп и кластеров штаммов по районам Самарской области .

PREVALENCE OF MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS GENETIC GROUPS IN SAMARA REGION

The population structure of Mycobacterium tuberculosis , the causative agent of lung tuberculosis , as well as prevalence of various strain lineages and clusters in Samara region is investigated in the paper.

Текст научной работы на тему «Распространенность генетических групп m ycobacterium tuberculosis по районам Самарской области»

РАСПРОСТРАНЕННОСТЬ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ГРУПП MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

ПО РАЙОНАМ САМАРСКОЙ ОБЛАСТИ

1 Самарский государственный университет, г. Самара 2Самарский областной клинический противотуберкулезный диспансер имени Н.В. Постникова, г. Самара

3Колледж королевы Марии Университета Лондона

Ключевые слова: туберкулез, Mycobacterium tuberculosis, кластеры, генетические группы, районы Самарской области.

Туберкулез остается важной проблемой здравоохранения во всем мире и Российской Федерации в частности. Самарская область относится к регионам России с неблагоприятной обстановкой по туберкулезу, где уровень заболеваемости в 2011 году (78,5 случаев на 100 тыс. населения) превышает средний показатель по стране (73,0 случая на 100 тыс. населения) [11]. Особую тревогу вызывает рост уровней заболеваемости лекарственно-устойчивыми штаммами возбудителя туберкулеза - Mycobacterium tuberculosis. Преобладающим семейством штаммов, циркулирующим в Самарской области, является семейство Beijing [12]. Оно характеризуется высокой степенью внутригрупповой гомогенности, а также повышенной вирулентностью, патоген-ностью и ассоциированностью с лекарственной устойчивостью [3-6, 10].

К настоящему времени имеются лишь единичные данные по популяционно-генетической структуре штаммов M. tuberculosis, циркулирующих в Самарской области, распространенности различных генетических групп и их ассоциированности с лекарственной устойчивостью и вирулентностью.

Целью данного исследования было изучение генетической структуры популяции и закономерностей циркуляции и распространения основных генетических групп M. tuberculosis в Самарской области.

Концевая Ирина Сергеевна, аспирант, belka@ostin.org; Николаевский Владислав Владленович, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, v.nikolayevskyy@qmul.ac.uk; Садыхова Анна Викторовна, аспирант, antima2008@rambler.ru; Ковалёв Александр Михайлович, кандидат биологических наук, alexferreiro@yandex.ru; Игнатьева Ольга Андреевна, аспирант, ignatyevaolga@rambler.ru; Родионова Юлия Дмитриевна, кандидат медицинских наук, заведующая лабораторией, u.d.mashk0va@gmail.com; Балабанова Янина Михайловна, доктор медицинских наук, старший научный сотрудник, y.balabanova@qmul.ac.uk; Макурина Ольга Николаевна, доктор биологических наук, профессор, makurina.on@mail.ru

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ

Объектом исследования служили 1304 изолята M. tuberculosis, выделенных из мокроты пациентов с бактериологически подтвержденным диагнозом туберкулез легких, проходивших стационарное или амбулаторное лечение в противотуберкулезных учреждениях Самарской области. Из них у 807 (61,89%) пациентов туберкулез был выявлен впервые, а 497 (38,11%) пациентов получали противотуберкулезное лечение в прошлом.

Обработку мокроты, выделение чистых культур микобактерий и их идентификацию, а также тесты на лекарственную чувствительность проводили с использованием системы автоматизированных жидких питательных сред BACTEC MGIT 960 (Becton Dickinson, Cockeysville, MD) в соответствии с рекомендациями производителя [18]. Выделение ДНК из изолятов производили методом нагревания с хлороформом. Молекулярно-генетический анализ ДНК изолятов включал (1) сполиготипирование с гибридизацией на мембранах с нанесенными олигонукле-отидными пробами [16] и (2) генотипирование по 9-ти и 17-ти локусам VNTR для штаммов семейства Beijing (VNTR 1982, 2163B, 3232, 4052, MIRU 10, 23, 26, 31, 40) и штаммов остальных семейств (VNTR 1982, 3232, MIRU 2, 4, 10, 16, 20, 23, 24, 26, 27, 31, 39, 40, ETR-A, B, C) соответственно [19].

Кластерный анализ проводили с использованием программы Bionumerics v. 6.1 (Applied Maths, Ghent, Бельгия). Генетические группы штаммов определяли с помощью всемирной базы данных MIRU-VNTR/>lus (http://www.miru-

vntrplus.org/MIRU/index.faces) на основании данных сполиготипирования и VNTR-типирования.

Статистическую обработку результатов геноти-пирования и выявление значимых ассоциаций проводили при помощи программы WINPEPI. Для сравнения распределения генетических групп M. tuberculosis среди штаммов, объединенных общими фенотипическими признаками, использовали критерий согласия Пирсона (х2). Для сравнения распределения генетических групп M. tuberculosis использо-

вали показатель соотношения (RR) с 95%-ным интервалом достоверности (CI).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ

В исследованной нами выборке 71,6% составляли штаммы семейства Beijing, при этом доля штаммов семейств, принадлежащих к Евро-Американской группе (Haarlem, LAM, S, Uganda, Ghana, Cameroon, URAL и X) составила 23,2%. Наибольшее количество штаммов Евро-Американской группы, обнаруженных в Самарской области, относилось к семействам LAM (8,9%) и URAL (7,5%). Штаммы остальных семейств встречались значительно реже (0,3-5,7%). Семь штаммов (0,5%) не были определены до семейства использованными в исследовании методами (таб. 1).

Таблица. 1. Распределение генетических групп в исследованной выборке M. tuberculosis

📎📎📎📎📎📎📎📎📎📎